دغدغه تأسیس بنیاد از آن جا شروع شد که مؤسسین به فکر سازمانی بودند که در آن، امور خیر را به شکل نوین ارائه بدهند و کار خیرشان بشود، انجام کارهای زمین مانده، کارهایی که شاید کمتر کسی سراغ آن‌ها می‌رود. انتخابِ عنوان بنیاد هم به جای خیریه بیشتر به همین خاطر بود و همین طور دوری از ذهنیت‌های معمول در مورد خیریه‌های موجود در کشور.سال ۱۳۸۸ نقطه شروع این حرکت بود، حرکتی که در طول مسیرش حجه الاسلام شیخ مهدی مظاهری را به عنوان پدر معنوی در کنار خودش می‌دیده و از راهنمایی‌های ایشان بهره می‌برده است.
مرکز پیشگیری و کنترل سرطان آلاء ، مدرسه عالی خاتم الاوصیاء(عج)، مرکز تربیتی و پرورش استعداد سلاله، آستان مقدس حضرت زینب (س)، مرکز جامعه المرتضی (ع)، مرکز مددکاری کوثر و مرکز خیر ماندگار هفت مرکزی هستند که بستر فعالیت‌های بنیاد خیریه راهبری آلاء خواهد بود.
داشتن نگاه تشکیلاتی به انجام فعالیت‌ها را می‌توان یکی از نقاط قوت بنیاد دانست، نگاهی که سعی شده با نگاه جهادی و مردمی آمیخته شود تا از آفت‌های معمول فعالیت‌های تشکیلاتی دور شود.
تدوین سند راهبردی و برنامه ریزی‌های بلند مدت و کوتاه مدت نیز ثمره داشتن همین نوع نگاه است و شاید وجه تمایز این بنیاد با دیگر مراکز خیریه در همین جا باشد. علاوه بر آن داشتن کمیته‌های تخصصی برای هر طرح متشکل از نخبه‌ها و متخصصان سرآمد در حوزه‌های مختلف بر غنای برنامه ریزی‌ها افزوده است و توانسته مجموعه قابل قبولی از کارشناسان متعهد را در حوزه‌های متنوع دور هم جمع کند.