دغدغه تأسیس بنیاد از آن جا شروع شد که مؤسسین به فکر سازمانی بودند که در آن، امور خیر را به شکل نوین ارائه بدهند و کار خیرشان بشود، انجام کارهای زمین مانده، کارهایی که شاید کمتر کسی سراغ آنها می‌رود. انتخابِ عنوان بنیاد هم به جای خیریه بیشتر به همین خاطر بود و همین طور دوری از ذهنیت‌های معمول در مورد خیریه‌های موجود در کشور.سال ۱۳۸۸ نقطه شروع این حرکت بود، حرکتی که در طول مسیرش حجه الاسلام شیخ مهدی مظاهری را به عنوان پدر معنوی در کنار خودش می‌دیده و از راهنمایی‌های ایشان بهره می‌برده است.
مرکز پیشگیری و کنترل سرطان آلاء ، مدرسه عالی خاتم الاوصیاء(عج)، مرکز تربیتی و پرورش استعداد سلاله، آستان مقدس حضرت زینب (س)، مرکز جامعه المرتضی (ع)، مرکز مددکاری کوثر و مرکز خیر ماندگار هفت مرکزی هستند که بستر فعالیت‌های بنیاد خیریه راهبری آلاء خواهد بود.
داشتن نگاه تشکیلاتی به انجام فعالیت‌ها را می‌توان یکی از نقاط قوت بنیاد دانست، نگاهی که سعی شده با نگاه جهادی و مردمی آمیخته شود تا از آفت‌های معمول فعالیت‌های تشکیلاتی دور شود.
تدوین سند راهبردی و برنامه ریزی‌های بلند مدت و کوتاه مدت نیز ثمره داشتن همین نوع نگاه است و شاید وجه تمایز این بنیاد با دیگر مراکز خیریه در همین جا باشد. علاوه بر آن داشتن کمیته‌های تخصصی برای هر طرح متشکل از نخبه‌ها و متخصصان سرآمد در حوزه‌های مختلف بر غنای برنامه ریزی‌ها افزوده است و توانسته مجموعه قابل قبولی از کارشناسان متعهد را در حوزه‌های متنوع دور هم جمع کند.
در سال ۱۳۴۹ حاج آقا به همراه مرحوم حجه الاسلام و المسلمین منصورزاده به مشهد مشرف شده بودند . شبی در راه حرم آقای منصورزاده حاج آقا را صدا میزنند و میفرمایند که آقای میردامادی (دایی مقام معظم رهبری) با شما کار دارند. آقای میردامادی به حاج آقا فرمودند که ما میخواهیم امشب شما را جایی ببریم. به خیابان تهران(واقع در مشهد) رفتند. در آن خیابان یک پاساژ وجود داشت که آقای میردامادی در آن پاساژ، درب یک مغازه را باز کردند ؛ در آن مغازه مقداری روغن و عدس و پارچه و … وجود داشت. آقای میردامادی گفتند که ما برای حمایت از ایتام یک انجمن تاسیس کرده ایم .
اینجا را به شما معرفی می کنیم تا انشا الله شما هم در اصفهان مشابه این کار را پایه گذاری کنید. آن شب حاج آقا و آقای منصورزاده را به خانه چندین نیازمند و یتیم نیز بردند که وضع زندگی اسفناکی داشتند .
حاج آقا آن شب خیلی تحت تاثیر قرار گرفتند . این موضوع در ماه رجب اتفاق افتاد. پس از باز گشت به اصفهان در ماه رمضان حاج آقا در مسجد کازرونی منبر رفتند. روز دوم آقای گلبیدی نزد حاج آقا رفته به ایشان گفت: آیا هدف شما از این حرفها این است که زمان منبرتان را پر کنید یا میخواهید کاری انجام دهید ؟ حاج آقا فرمودند می خواهیم کاری انجام دهیم ؛ایشان گفتند: پس ما کمکتان میکنیم … .
پس از آن خدمت بعضی از علمای اصفهان مانند شهید آیت الله شمس آبادی و آیت الله هاشمی رفته و مساله را با آنها در میان گذاشتند. از همان ماه رمضان قبضهای کمک تهیه شد و انجمن مددکاری امام زمان (عج) در همان زمان تشکیل گردید.
این انجمن در هر سال چندین میلیارد تومان درآمد دارد که تماما صرف خدمت به فرزندان یتیم می گردد.
بعضی از بچه های یتیمی که در سالهای گذشته از طرف انجمن به آنها کمک شده است و هزینه زندگی آنها داده میشده، الان از متمکنین می باشند و سالانه مبالغ زیادی به همین انجمن کمک می کنند.
بالغ بر ده هزار نفر تحت پوشش انجمن بوده اند که حدود ۵ هزار نفر آنها تا کنون مستغنی شده اند.
در سال ۱۳۸۳پس از راه اندازی موفق انجمن صرع بار دیگر دکتر اعتمادی فر در صحبتی با حاج آقا بیماری ام‌اس را معرفی نمودند و به لطف خدا با حضور خیرین و پزشکان، انجمن ام اس نیز راه اندازی شد و شروع به خدمت رسانی به مردم کرد.
هم اکنون این انجمن کمک هایی به صورت دارویی و همچنین نقدی برای تهیه دارو را، به حدود ۲۰۰ نفر از مبتلایان به این بیماری در دستور کار دارد.
این انجمن همچنین یک باغ در گلدشت را جهت تفریح بیماران آماده نموده که علاوه بر بیماران مقیم اصفهان بیمارانی که از شهرهای دیگر به این مرکز مراجعه میکنند را پذیرا است.
ساختمان جدید این مرکز در زمین اهدایی مرحوم حاج محمد بحرینیان به مساحت ۱۰۰۰ متر در چهار طبقه در حال احداث می باشد.
در سال ۱۳۸۳ دکتر اعتمادی فر متخصص مغز و اعصاب در صحبتی که با حاج آقا داشتند، توضیحاتی را راجع به این بیماری به ایشان دادند . بعد از این حاج آقا این مسئله را با خیرین در میان گذاشتند. با اهداء ساختمان این انجمن توسط شخص خیری که فرزندش در اثر این بیماری از دنیا رفته بود، همچنین حضور پزشکان خیر، این مرکز راه اندازی گردید. هم اکنون علاوه بر رسیدگی به امور مرتبط با بیماران، این مرکز به مکانی جهت پژوهش های علمی این بیماری تبدیل گردیده است.
با توجه به کمبود فضا برای بیماران و لزوم تاسیس مکان جدید برای بیمارستان و تکمیل بنای آن با توصیه آقای دکتر پور مقدس حاج آقا این موضوع را برای مردم و خیرین مطرح کرده و به یاری خدا و با کمک مردم، زمین ساختمان جدید آماده و چندین مرحله از ساختمان سازی آن انجام شد و بعد از آن دانشگاه و دولت وارد عمل شده و ساختمان را به پایان رساندند. همچنین مسجد بیمارستان به صورت استفاده مردم و بیمارستان به صورت مشترک راه اندازی شد.